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Junto con los diseñados para medir el consumo, los indicadores destinados a medir la resistencia a los antibióticos facilitan el conocimiento detallado de la situación y ayudan a la detección precoz de bacterias multirresistentes.
 
En el ámbito de la salud humana, el PRAN ha elaborado una selección de indicadores de resistencia a antibióticos que podrás descargar en esta página en breve.
 
En el área de sanidad animal, la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) y el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC), por encargo de la Comisión Europea, recopilan y analizan cada año la información de todos los Estados miembros en relación a las zoonosis. Cada país miembro debe enviar un informe sobre la situación en su territorio.
 
En España, el Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentación y Medio Ambiente (MAPAMA) coordina el informe anual de fuentes y tendencias de zoonosis y agentes zoonósicos que llega a la EFSA y al ECDC. En general, los antibióticos usados en animales destinados a consumo son prácticamente los mismos que los usados en medicina humana, por lo tanto, las bacterias resistentes que se generan e incluso los genes de resistencia pueden transferirse de una fuente a otra. De especial relevancia son las bacterias zoonósicas Salmonella o Campylobacter resistentes a antibióticos. Ambas representan un peligro también importante para la salud humana.
 
Por otra parte, existen bacterias como Escherichia coli que son indicadoras y se caracterizan por su facilidad para adquirir genes de resistencia. Estas bacterias indicadoras se utilizan para monitorizar la presencia de marcadores de resistencia en animales destinados a consumo humano.
 
Una de las prioridades de la Unión Europea (UE) es garantizar un alto grado de seguridad alimentaria. Con el objetivo de controlar y reducir la incidencia de enfermedades de transmisión alimentaria, se publicó la nueva Decisión de Ejecución 2013/652/UE, que indica que en los años pares (2014, 2016, 2018 y 2020), se analizarán resistencias en ponedoras, broilers y pavos de engorde de:
 
Salmonella spp. (heces PNCS y canales en matadero de broilers y pavos)
C. jejuni (broliers y pavos, heces en matadero)
E. coli (broliers y pavos, heces en matadero)
 
En años impares (2015, 2017 y 2019) se analizarán resistencias en cerdos de engorde y bovinos menores de 1 año de:
 
Salmonella spp. (canales en matadero)
E. coli (heces en matadero)
 
Los datos de resistencia pueden consultarse en los informes de la EFSA (European Food Safety Authority) y en los informes del MAPAMA sobre resistencias antimicrobianas y zoonosis.